การศึกษาบาลีในประเทศไทยตั้งแต่สมัยโบราณ พวกกุลบุตรต้องเริ่มต้นด้วยการเรียนอักษรขอมก่อน เพราะภาษาบาลีที่จารไว้ด้วยอักษรขอมผู้เริ่มเรียน
ต้องเรียนคัมภีร์มูลกัจจายน์ท่องสูตรมูล ซึ่งมีทั้งภาคมคธและพากย์ไทย ล้วนเป็นอักษรขอมทั้งนั้น ความเป็นมาของอักษรขอม ที่ใช้ในทางพระพุทธศาสนาเป็น
ประการไรนั้น เราจะศึกษาได้จากศิลาจารึกในสมัยสุโขทัย ซึ่งได้จารึกไว้เป็นอักษรขอมทั้งภาษาไทยและภาษาบาลีอักษรขอมที่จารลงในใบลานในสมัยกรุงศรีอยุธยา
และกรุงรัตนโกสินทร์ ถือกันว่าเป็นอักษรที่ศักดิ์สิทธิ์ ควรแก่การรับรองพระพุทธวจนะจึงเกิดความนิยมใช้อักษรขอมกันขึ้น แม้ในการเขียนเทศน์ก็เขียนเป็นอักษรขอม
วรรณคดีไทยหลายเรื่องเช่น มหาชาติคำหลวง มหาชาติ 13 กัณฑ์ และปฐมสมโพธิกถา เป็นต้น ก็ล้วนมีต้นฉบับเป็นอักษรขอมทั้งนั้น และที่สำคัญอีกประการหนึ่ง คือ
ตำราไสยศาสตร์ และเลขยันตร์ และคาถาอาคมเวทย์มนต์ ต่าง ๆ ที่คนไทยถือขลังมาแต่โบราณกาล เช่น ตำรามหาพิสัยสงคราม เป็นต้น ก็เขียนอักษรขอม และเขียน
คัดลอกสั่งสอนสืบต่อกันมาเป็นอักษรขอม จึงทำให้ชวนคิดไปว่า แต่เดิมมาไทยคงจะมีอักษรไทยใช้สองแบบคือ แบบอักษรไทย ที่ชาวบ้านใช้อย่างหนึ่งและแบบ
อักษรธรรมที่ใช้กันในวัดสำหรับการสอน การเรียน การบันทึกพระธรรม คำสั่งสอนของพระสัมมาสัมพุทธเจ้าอย่างหนึ่งกล่าวให้ชัดก็คือ อักษรขอม ก็ได้แก่อักษรธรรม ซึ่งบันทึกพระพุทธวจนะ ได้แก่ พระไตรปิฎก อัฏฐกถา ฎีกา สัททาวิเศษ และปกรณ์ต่าง ๆ ในพระพุทธศาสนานั้นเองหาได้เป็นอักษรขอมของชนชาติขอม
ในอดีตไม่ และที่กล่าวกันมาว่า เมื่อชนชาติไทยมีอนุภาพเหนือกว่า ได้ครอบครองดินแดนนี้เป็นปึกแผ่นแล้วได้รับเอาวัฒนธรรมทางพระพุทธศาสนาไว้ก็ได้สนใจ
ศึกษาอักษรขอมด้วย ใจศรัทธา เพื่อมุ่งความรู้ความเข้าใจในพระพุทธวจนะเป็นประการสำคัญ หาได้มีการเปลี่ยนแปลงตัวอักษรไปเป็นอย่างอื่นแต่ประการใดไม่
ข้อหลังนี้ก็จะหมดสงสัยไป โดยเหตุผลที่ว่า หนังสือขอมก็คือ หนังสือไทยอีกแบบหนึ่งของไทยนั่นเอง
            ในบางสมัย ประเทศไทยต้องต่อสู้ข้าศึกศัตรูป้องกันชาติบ้านเมืองอย่างเต็มที่ แต่เมื่อเสร็จสิ้นสงครามในระยะใด พระเจ้าแผ่นดินก็ทรงคิดเห็นว่าการทะนุบำรุง
พระพุทธศาสนาเป็นเรื่องสำคัญยิ่ง ทุกยุคทุกสมัยมาดังปรากฎชฏในพงศาวดารว่า เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกทรงสถาปนากรุงเทพพระมหานคร
ขึ้นเป็นราชธานี ก็โปรดเกล้า ฯ ให้ชำระพระไตรปิฎกให้ถูกต้อง ทรงมีพระราชศรัทธาพระราชทานทรัพย์เป็นอันมากให้แสวงหาพระไตรปิฎก ลาวรามัญมาชำระ
แปลงออกเป็นหนังสือขอมแบบไทย สร้างขึ้นไว้ในตู้ ณ หอพระมณเฑียรธรรมและถวายพระสงฆ์เล่าเรียนทุกอารามและพระราชทานอุปถัมภ์ในการสังคายนา
พระไตรปิฎกอัฏฐกถา ฎีกา อนุฎีกา สัททาวิเสส ณ วัดมหาธาตุในพุทธศักราช 2331 เป็นครั้งแรกในกรุงรัตนโกสินทร์ การสังคายนาในครั้งนั้นได้แบ่งออกเป็น 4 กอง
คือ กองพระวินัย กองพระสูตร กองพระอภิธรรม (กองพระปรมัตถ์) กองสัททาวิเลส ใช้เวลาชำระ 5 เดือน จึงสำเร็จ พระไตรปิฎกที่สังคายนา ในครั้งนั้นเรียกว่า
พระไตรปิฎก ฉบับครูเดิม
           การศึกษาปริยัติธรรมในชั้นต้น ผู้ศึกษาประกอบด้วยศรัทธาที่จะหาความรู้ ในพุทธศาสนาเป็นที่ตั้งมิได้มุ่งการสอบไล่ได้เป็นสำคัญ เมื่อได้จัดให้มีการสอบ
ให้โอกาสนักเรียนได้แสดงความรู้ความสามารถ ในเบื้องต้น ก็ใช้วิธีสอบด้วยปาก อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ซึ่งเรียกว่าสอบในสนามหลวงได้มีการตั้งกรรมการสอบ
เป็นคณะ มีกองกลาง กองเหนือ และกองใต้ สถานที่สอบคือวัดพระศรีรัตนศาสดารามบ้าง วัดสุทัศน์บ้าง ตามแต่จะได้กำหนดขึ้นการสอบด้วยวิธีแปลด้วยปากนี้
ได้ใช้หนังสือขอมใบลาน เป็นข้อสอบแปลต่อหน้าคณะกรรมการผู้เป็นพระเถรานุเถระบางคราวพระเจ้าแผ่นดินก็เสด็จไปฟังการสอบไล่พระภิกษุสามเณร เป็นการสอบ
หน้าพระที่นั่ง เมื่อนักเรียนเข้าแปล กรรมการเรียกเข้าแปล ทำการทักบ้าง กักบ้าง เป็นการทดสอบท่วงทีวาจา พิจารณาปฏิภาณ ไหวพริบ ไปในตัว การสอบแบบนี้
ไม่เกี่ยวกับอักษรไทยเลย ฉะนั้น พระภิกษุสามเณรผู้ศึกษาพระปริยัติธรรมจึงชำนาญในอักษรขอมแบบของไทยมากกว่าอักษรไทยปัจจุบัน
           ความที่อักษรขอมแบบไทยมีความเกี่ยวข้องกับวงการพุทธศาสนาในเมืองไทยเป็นอันมากดังกล่าวนี้ การศึกษาอักษรขอมแบบของไทยจึงมิใช่จะแพร่หลายอยู่แต่ในวัดเท่านั้น ในสมัยก่อนเจ้านายในพระบรมราชจักรีวงศ์ก็รอบรู้อักษรขอมแบบของไทยโดยมาก และมิใช่เจ้านายฝ่ายหน้าเท่านั้น แม้เจ้านายฝ่ายในก็สันทัดในอักษรขอมแบบของไทยเป็นอย่างดีเลิศด้วย ในการพระราชทานสมณศักดิ์แก่พระสงฆ์ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงลงพระปรมาภิไธย เป็นอักษรขอมแบบของไทยภาษามคธโดยถือเป็นพระราชประเพณี มาจนถึงรัชกาล ที่ 7 และในสมัยนั้น การอนุญาตให้พระราทานวิสุงคามสีมา พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ก็ทรงลงพระปรมาภิไธยเป็นอักษรขอมแบบไทย ด้วยทรงเห็นว่า เป็นกิจการพระพุทธศาสนา ก็ควรใช้ อักษรขอมเพราะเป็นอักษรธรรม การใช้อักษรไทยพิมพ์คัมภีร์พระพุทธศาสนาเพิ่งจะมีขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า เจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 นี้เอง เป็นการปฏิรูปทางพระพุทธศาสนาครั้งยิ่งใหญ่ปรากฏในพระราชปรารภตอนหนึ่งว่า            
           "อนึ่ง ในสยามรัฐมณฑลนี้ แต่เดิมได้เคยใช้อักษรขอมเป็นที่รองรับเนื้อความในพระพุทธศาสนา เมื่อจะกล่าวโดยที่แท้จริงแล้ว ตัวอักษรไม่เป็นประมาณ อักษรใด ๆ ก็ควรใช้ได้ทั้งสิ้นประเทศอื่นที่นับถือพระพุทธศาสนา คือ ลังกา พม่า ลาว เขมร เป็นต้น ก็สร้างพระไตรปิฎก ด้วยอักษรตามประเทศของตนทุก ๆ ประเทศ" ได้ทรงมีพระราชศรัทธาพิมพ์พระไตรปิฎกเล่มสมุดไทยขึ้นเป็นครั้งแรก และยังได้ชักชวนพระบรมวงศานุวงศ์ให้เจริญพระราชศรัทธาพิมพ์อัฏฐากถา เป็นอักษรไทย หลักสูตรแบบเรียน พระปริยัติธรรมแผนกบาลี ก็พิมพ์เป็นอักษรไทยแพร่หลายยิ่ง ต่อมาสมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิญาณวโรรส ทรงเปลี่ยนวิธีการสอบด้วยปากเป็นการสอบด้วยวิธีการเขียนโดยหนังสือไทย ซึ่งเป็นหลักสูตรมาจนทุกวันนี้ อักษรขอมแบบของไทยจึงดูหมดความจำเป็นไป แต่ความจริงแล้วหาเป็นเช่นนั้นไม่ เพราะ
พระคัมภีร์พระพุทธศานาชั้น อัฏฐกถา ก็ยังพิมพ์เป็นอักษรไทยไม่หมด ชั้นฎีกา อนุฎีกา สัททาวิเสส และปกรณ์ต่าง ๆ ก็ยังอยู่ในรูปเป็นอักษรขอมแบบของไทยทั้งนั้น
ซึ่งยังมีปริมาณมากกว่าที่ได้พิมพ์เป็นอักษรไทย ปัจจุบันแล้วหลายเท่านัก ในชั้นเดิม พระภิกษุสามเณรยังพอรู้อักษรขอมแบบไทยอยู่ แต่ชั้นหลังต่อมา หาผู้รู้อักษรขอมแบบของไทย ได้ยาก ดังนั้น ด้วยเกรงนักเรียนจะหนังสือขอมแบบของไทยไม่ออก ทางสนามหลวงแผนกบาลี จึงได้จัดวิชาอักษรขอมแบบของไทยเป็นหลักสูตรการสอบเปรียญ 4 ประโยค ตั้งแต่ปี พุทธศักราช 2461 เป็นต้นมา และการสอบเปรียญ 6 ประโยค ถึง 9 ประโยค ก็ให้มีการเขียน อักษรขอมแบบของไทย หวัดในวิชาแปล
ภาษาไทย เป็นภาษามคธ (บาลี) เพิ่งจะยกเลิกเสียสิ้นเชิง เมื่อปีพุทธศักราช 2490 โดยประกาศขององค์การศึกษา เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พุทธศักราช 2488
ตอนหนึ่งว่า             
           "ด้วยการสอบบาลีประโยค ป.ธ. 4 มีการสอบอ่านและเขียนอักษรขอมเป็นบุรพาภาคอยู่ทั้งนี้ ความประสงค์ก็เพื่อให้อ่านและเขียนอักษรขอมได้เป็นประโยชน์ในการที่จะค้นอัฏฐกถาและฎีกาที่ยังถ่ายทอดเป็นอักษรไทยไม่หมด แต่การสอบอย่างนี้ เป็นเพียงการสอบเขีนหนังสือไม่เป็นข้อสำคัญนัก ถ้านักเรียนมีความสนใจอยู่ แม้ไม่สอบก็คงอ่านเขียนได้ ฉะนั้น จึงเห็นสมควรให้ยกเลิกเสีย" (ประกาศฉบับนี้นับว่าทำไปโดยรู้เท่าไม่ถึงกาล เป็นการทำลายมรดกของไทยไปชิ้นหนึ่ง)
            เมื่อได้ยกเลิกหลักสูตรอักษรขอมแบบของไทยเสียแล้ว เวลาล่วงมาได้ 20 ปี เศษ นักเรียนบาลีในปัจจุบันก็หมดความจำเป็นในอันที่จะสนใจต่อคัมภีร์อักษรขอมแบบของไทย ผู้ที่สนใจในเวลานี้ก็คงมีอยู่บ้าง แต่มักเป็นชาวต่างประเทศที่ได้ศึกษาภาษาบาลีมา มีความประสงค์จะค้นคว้าเทียบเคียงกับปกรณ์ที่มีอยู่ในเมืองไทย ขอให้กรมศิลปากรถ่ายไมโครฟิล์มส่งไปให้ เป็นที่น่าสังเกตอีกอย่างหนึ่งว่า ตำรับตำราพระพุทธศาสนาของเมืองไทยเราเคยมีบริบูรณ์เสมอกับนานาประเทศเพื่อนบ้านที่นับถือพระพุทธศาสนาด้วยกัน เพราะบรรพบุรุษของเราได้อุตส่าห์สั่งสมเป็นมรดกไว้ให้แต่โบราณกาล แต่เวลานี้ เพราะเราขาดการดำเนินงานติดต่อกัน เมื่อเทียบเคียงกับประเทศเพื่อนบ้าน เช่น พม่า ซึ่งขวนขวายทำฉัฎฐสังคีติได้สำเร็จอย่างน่าอนุโมทนาแล้ว เรากลับมีคัมภีร์ชั้น 1 อัฏฐกถาของเรายังถ่ายเป็นอักษรไทยไม่หมด คัมภีร์ฎีกาซึ่งเรามีเป็นร้อย ๆ คัมภีร์เราถ่ายเป็นอักษรไทยเพียง 3 คัมภีร์เท่านั้น อนุฎีกาก็เช่นเดียวกันก็มีเป็นหลายร้อยคัมภีร์ล้วนเป็นอักษรของอักษรไทยแท้ ๆ ยังไม่ได้พิมพ์เลย สัททาวิเลสซึ่งเป็นหนังสือ ประเภทไวยากรณ์ก็มีเป็นร้อย ๆ คัมภีร์ เราถ่ายเป็นอักษรไทยได้เพียง 2 คัมภีร์ เท่านั้น และปกรณ์พิเศษอื่น ๆ อีกก็เช่นกัน จึงนับว่าเรายังขาดอุปกรณ์การศึกษาภาษาบาลีชั้นสูงเท่าที่ควร