การบริหารคณะสงฆ์มีมาแล้วตั้งแต่พุทธกาล หลักที่ใช้คือ พระธรรมวินัย เมื่อพระพุทธเจ้าเสด็จดับขันธ์ปรินิพพานแล้ว เกิดความไม่เรียบร้อยขึ้น จึงได้มีการทำปฐมสังคายนาขึ้น ที่เมืองราชคฤห์ โดยมีพระมหากัสสปเป็นประธาน การบริหารคณะสงฆ์ ก็เรียบร้อยมาได้ระยะหนึ่ง ต่อมาก็เกิด ถือลัทธิต่างกัน เกิดความไม่เรียบร้อยขึ้นอีก เป็นเช่นนี้ตลอดมา

การบริหารคณะสงฆ์สมัยสุโขทัพระพุทธศาสนาได้ประดิษฐานในดินแดนสุวรรณภูมิ อันเป็นที่ตั้งของประเทศไทย และอีกหลายประเทศในอาเชียตะวันออกเฉียงใต้ มาตั้งแต่ยุคกรุงสุโขทัยเป็นราชธานีของไทย ในประมาณปี พ.ศ. ๑๘๐๐ ประชาชนในดินแดนแห่งนี้ ได้รับนับถือพระพุทธศาสนา แบบเถรวาทเดิมสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช แบบมหายาน แบบเถรวาทอย่างพุกาม และแบบ เถรวาทอย่างลังกา สืบกันมาตามลำดับ

จากหลักฐานในศิลาจารึกพ่อขุนรามคำแห่งมหาราช แห่งราชอาณาจักรสุโขทัย พบว่ามี สังฆราช ปู่ครู มหาเถระ และเถระ ในสมัยนี้น่าจะมีพระสังฆราชมากกว่าองค์เดียว เพราะทางราชอาณาจักร มีทั้งเมืองในปกครองโดยตรง และเมืองประเทศราชมีเจ้าปกครอง จึงน่าจะมีสังฆราชของตนเองด้วย

คณะสงฆ์สมัยสุโขทัย แบ่งออกเป็น ๒ คณะ คือ คามวาสี และอรัญวาสี จัดระเบียบการปกครองคณะสงฆ์เป็นฝ่ายขวา และฝ่ายซ้าย มีราชทินนาม สำหรับสังฆนายกตามแบบลังกา ฝ่ายขวาคือพระสังฆราชอยู่วัดมหาธาตุ และมีพระครูอยู่วัดต่าง ๆ เป็นสังฆนายกชั้นรองลงมาอีก ๓ องค์ ฝ่ายซ้ายมีพระครูธรรมราชาอยู่วัดไตรภูมิป่าแก้ว และพระครูวัดต่าง ๆ เป็นสังฆนายกรองลงมาอีก ๒ องค์

การบริหารคณะสงฆ์สมัยอยุธยา

ในตอนแรกคล้ายกับสมัยสุโขทัย คือ เป็นคณะคามวาสีและคณะอรัญวาสี ต่อมามีพระสงฆ์ไทยไปศึกษาพระธรรมวินัย ที่เมืองลังกา แล้วกลับมาประพฤติปฏิบัติ เคร่งครัดกว่าคณะสงฆ์ไทยที่เป็นอยู่เดิม จึงได้มีการตั้งคณะขึ้นอีกหนึ่งคณะคือ คณะป่าแก้ว ซึ่งต่อมาเรียกว่าคณะคามวาสี ฝ่ายขวา

ความนับถือพระพุทธศาสนาสมัยอยุธยา ไม่สู้สนใจหลักธรรมชั้นสูงนัก ส่วนใหญ่มุ่งไปสู่เรื่องทำบุญ ทำกุศล สร้างวัด ปูชนียสถาน ปูชนียวัตถุ และทำพิธีกรรมต่าง ๆ มาก รวมทั้งการฉลองและงานมนัสการ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ. ๑๙๙๑-๑๙๙๘) ทรงทำนุบำรุงพระพุทธศาสนามาก ทรงออกผนวชถึง ๘ เดือน
ในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม (พ.ศ. ๒๑๖๓-๒๑๗๑) ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระไตรปิฎกไว้จบบริบูรณ์
ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ. ๒๑๗๓-๒๒๗๕) มีผู้นิยมบวชเรียนกันมากทำให้มีคนหลบเลี่ยงราชการไปบวชกันมาก จนต้องมีการออกมาตรการให้มีการสอบความรู้พระภิกษุ สามเณรที่มาบวชโดยไม่มีความรู้ในพระศาสนา ถูกบังคับให้ลาสิกขาเป็นอันมาก
ในรัชสมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกฐ (พ.ศ. ๒๒๗๕-๒๓๑๐) เกิดมีประเพณีว่า ผู้ที่จะเข้ารับราชการเป็นขุนนาง ข้าราชการ มียศฐาบรรดาศักดิ์ ต้องได้บวชมาแล้วจึงจะทรงแต่งตั้ง ในห้วงเวลานี้ ทางลังกาเกิดสูญสิ้นพุทธศาสนวงศ์ กษัตริย์ลังกาต้องส่งราชทูตมาขอคณะสงฆ์ไทยไปตั้งสยามวงศ์หรืออุบาลีวงศ์ที่ลังกา สืบต่อมาจนถึงปัจจุบัน

การบริหารคณะสงฆ์สมัยปลายอยุธยา ถือพระธรรมวินัยเป็นหลัก

ทางด้านอาณาจักรได้อาศัยพระบรมราชูปถัมภ์ จากพระมหากษัตริย์ ทำให้คณะสงฆ์เป็นระเบียบเรียบร้อย และเจริญก้าวหน้า สามารถเผยแผ่พระพุทธศาสนาไปยังต่างประเทศได้ การปกครองและการตั้งสมณศักดิ์ มีตำแหน่งสังฆนายก เป็น ๓ ระดับคือ สมเด็จพระสังฆราช พระสังฆราชาคณะและพระครู เจ้าคณะเมืองใหญ่เป็นที่สังฆราชา เจ้าคณะเมืองเล็กเป็นพระครู พระสังฆปรินายกเป็นสมเด็จพระสังฆราช บรรดาพระสงฆ์ ต่างชาติเช่น มอญ ลาว เป็นต้น ให้พระครูเป็นหัวหน้าดูแล โดยแบ่งการปกครองสงฆ์ไว้ดังนี้
คณะคามวาสีฝ่ายซ้าย สมเด็จพระอริยวงศาสังฆราชาธิบดี วัดหน้าพระธาตุเป็นเจ้าคณะ มีฐานานุกรม ๑๐ รูป มีพระราชาคณะในกรุงเป็นเจ้าคณะรอง ๑๗ รูป ๑๗ วัด มีพระครูหัวเมืองฝ่ายเหนือขึ้นไปปกครอง ๒๔ รูป ๒๒ เมือง ในจำนวนนี้ เมืองพิษณุโลกมีสังฆราชาและมีพระครูที่ขึ้นกับคณะพิษณุโลก ๓ เมือง ๓ รูป เมืองสุโขทัยมีสังฆราชา เมืองลพบุรี สวางคบุรีและนครราชสีมา มีพระครูเป็นที่สังฆราชา เมืองปรันตะประเทศ มีพระครูเป็นเจ้าคณะ ๓ รูป มีเมืองที่ไม่มีพระครู ๒๖ เมือง

คณะคามวาสีฝ่ายขวา พระวันรัตวัดป่าแก้วเป็นเจ้าคณะ มีพระฐานานุกรม ๑๑ รูป มีพระราชาคณะในกรุงเป็น เจ้าคณะรอง ๑๗ รูป ๑๗ วัด คณะหัวเมืองปักษ์ใต้ มีพระครูหัวเมือง ๕๖ รูป ๒๖ เมือง เมืองราชบุรี เพชรบุรี และจันทบุรี มีพระครูเป็นที่สังฆราชา มีหัวเมืองไม่มีพระครู อีก ๒๐ เมือง
คณะอรัญวาสี พระพุทธาจารย์ วัดโบสถ์ราชเดชะ เป็นเจ้าคณะปกครองคณะสงฆ์ฝ่ายสมถวิปัสสนา ทั้งในกรุง และนอกกรุง เจ้าคณะรอง ๗ รูป ๗ วัด และพระครูฝ่ายวิปัสสนา พระครูเจ้าคณะสามัญ พระครูเจ้าคณะลาว ขึ้นอยู่ในปกครองด้วย