จึงถือว่าวัดอรุณราชวรารามแห่งนี้ เป็นวัดที่มีความผูกพันกับ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ มากที่สุด ซึ่งปัจจุบันก็มี พระบรมราชานุสาวรีย์ของรัชกาลที่ ๒ ของพระองค์ท่านตั้งอยู่บริเวณด้านริมแม่น้ำเจ้าพระยา ‘บุษบกยอดปรางค์’ ที่สร้างไว้ระหว่างประตูด้านหน้าทั้งสองข้างของพระอุโบสถ ภายในประดิษฐาน ‘พระพุทธนฤมิตร’ พระพุทธรูปฉลองพระองค์ในรัชกาลที่ ๒ ภายในพระอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังทั้ง ๔ ด้าน ซึ่งฝีมืองดงามยิ่งนัก เป็นภาพพระพุทธประวัติ เช่น ภาพผจญมาร และภาพในชาดก เช่น เวสสันดรชาดก เป็นต้น นอกจากนี้ภายในพระอุโบสถยังมี ภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนัง ฝีมือของครูคงแป๊ะและครูทองอยู่ ช่างเขียนจิตรกรรมฝาผนังชั้นครู ที่เคยฝากฝีมือไว้ที่วัดสุวรรณาราม ราชวรวิหาร เขตบางกอกน้อย ไว้ด้วยเช่นกัน พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติเมื่อปีมะโรง พ.ศ.๒๔๑๑ การปฏิสังขรณ์วัดอรุณฯ ในรัชกาลนี้ควรนับได้ว่าเป็นการใหญ่ เพราะได้โปรดให้บูรณปฏิสังขรณ์ใหม่หมดเกือบทั้งวัด เริ่มต้นจากพระวิหารที่กำลังชำรุดทรุดโทรม และบุษบกที่มุขหน้าและมุขหลังของพระอุโบสถที่ค้างไว้ ‘บุษบกยอดปรางค์’ ด้านหลังของพระอุโบสถ วางพานพุ่มตรงกลาง ปีมะแม วันที่ ๓๑ ธันวาคม พ.ศ.๒๔๓๘ เวลา ๑๖.๐๐ นาฬิกา ได้เกิดอัคคีภัยไหม้พระอุโบสถ สาเหตุเกิดจากลูกไฟปลิวมาจาก โรงถ่านที่อยู่เหนือคลองนครบาล หรือคลองวัดแจ้ง ตึกกุฏิสงฆ์ริมคลองลุกไหม้ขึ้นก่อน แล้วเปลวไฟปลิวมาไหม้พระอุโบสถ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ได้รีบเสด็จพระราชดำเนินมาอำนวยการดับเพลิงด้วยพระองค์เอง และอัญเชิญพระบรมอัฐิของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ สมเด็จพระบรมอัยกาธิราช ออกไปได้ทัน ในการเกิดเพลิงไหม้ครั้งนี้ พระอุโบสถได้รับความเสียหายมาก เพลิงไหม้หลังคาพระอุโบสถจนหมด และทำให้ภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนังเสียหายไปบ้าง จึงโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์พระอุโบสถใหม่เกือบทั้งหมดให้คืนดีดังเดิม โดยได้โปรดให้ กรมหมื่นปราบปรปักษ์ เป็นแม่กองในการบูรณะ ซึ่งเท่ากับเป็นการสร้างใหม่ ตลอดจนเขียนภาพผนังด้านใน และปฏิสังขรณ์พระระเบียงรอบพระอุโบสถ กับถาวรวัตถุอื่นๆ ที่ควรปฏิสังขรณ์ด้วย สิ้นพระราชทรัพย์ครั้งนี้เป็นเงิน ๑๒,๘๐๐ บาท ซึ่งพระบรมวงศ์ฝ่ายในได้ทรงร่วมบริจาคทรัพย์เป็นเงิน ๒๔,๐๐๐ บาท เพื่อการปฏิสังขรณ์และสถาปนาถาวรวัตถุภายในวัด และโปรดเกล้าฯ ให้นำเงินที่เหลือจากการบริจาคของพระบรมวงศานุวงศ์ ไปสร้างโรงเรียนตรงบริเวณกุฎีเก่าด้านเหนือ ซึ่งชำรุดไม่มีพระสงฆ์อยู่ เป็นตึกใหญ่ แล้วพระราชทานนามว่า “โรงเรียนทวีธาภิเศก” พระอุโบสถ ซุ้มเสมายอดมณฑป และสิงโตหินจีนขนาดเล็ก นอกจากนั้นยังได้โปรดให้ พระยาราชสงคราม (กร หงสกุล) เป็นนายงานอำนวยการปฏิสังขรณ์พระปรางค์องค์ใหญ่ และบริเวณทั่วไปตามของเดิม แก้ไขเพิ่มเติมบางอย่างตามที่ควรจะแก้ การปฏิสังขรณ์พระปรางค์ได้เริ่มแต่เดือนสิงหาคม พ.ศ.๒๔๕๑ และเมื่อเสร็จเรียบร้อยแล้วจึงโปรดให้มีการฉลองพระปรางค์ร่วมกับ งานฉลองพระไชยนวรัฐ และงานบำเพ็ญพระราชกุศลพระชนมายุสมมงคล คือมีพระชนมายุเสมอพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รวม ๓ งานพร้อมกัน ซึ่งทั้ง ๓ งานนี้เป็นงานใหญ่ รวมเวลา ๙ วัน ได้เริ่มตั้งแต่วันที่ ๑๒-๒๐ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๔๕๒ ต่อมาในสมัย พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ ๙ รัชกาลปัจจุบัน ได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์หลายอย่าง โดยเฉพาะพระปรางค์วัดอรุณฯ ได้รับการปฏิสังขรณ์เป็นการใหญ่ มีการประกอบพิธีบวงสรวงก่อนเริ่มการบูรณะพระปรางค์ ในวันพุธที่ ๒๗ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๑๐ และการบูรณะก็สำเร็จด้วยดีดังเห็นเป็นสง่างามอยู่จนทุกวันนี้ ด้านหน้าของพระอุโบสถ ด้านข้างของพระอุโบสถ ตุ๊กตาหินจีนและสิงโตหินจีนขนาดเล็กจำนวนมากรอบๆ พระอุโบสถ ถัดไปเป็น ‘ซุ้มเสมายอดมณฑป’ และ ‘พระเจดีย์หินแบบจีน’ ที่มุมพระอุโบสถ พระอุโบสถวัดอรุณราชวราราม ไม่มี กำแพงแก้ว แต่มี พระวิหารคด (พระระเบียงคด) ล้อมรอบ สร้างขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ เช่นกัน ภายในพระวิหารคด (พระระเบียงคด) มีพระพุทธรูปปางมารวิชัยประดิษฐานอยู่โดยรอบถึง ๑๒๐ องค์ บริเวณรอบๆ พระอุโบสถนั้น มี ตุ๊กตาหินจีน ขนาดเล็กตั้งเรียงราย อยู่เต็มไปหมด นับตั้งแต่ระหว่างซุ้มเสมายอดมณฑปทั้ง ๘ ซุ้ม ก็มี สิงโตหินจีน ตัวเล็กตั้งอยู่บนแท่นเรียงกัน เว้นไว้แต่ตรงช่องบันไดทางขึ้นพระอุโบสถเท่านั้น และด้านหน้าบริเวณลานพระระเบียงคดที่ล้อมรอบอุโบสถนั้น ก็มีตุ๊กตาหินจีนเป็นรูปคน แต่งกายในชุดแบบจีน ยืนอยู่ในลักษณะต่างๆ กันเรียงเป็นแถวครบทั้งสี่ด้าน นอกจากนี้ที่มุมพระอุโบสถทั้ง ๔ มุมยังมี พระเจดีย์หินแบบจีน แต่มียอดเป็นปล้องๆ คล้ายปล้องไฉนของไทย มีผู้วิเศษจีนแปดรูป หรือที่เรียกว่า โป๊ยเซียน ตั้งอยู่ในซุ้มคูหาขององค์พระเจดีย์หินแบบจีนนั้นทั้ง ๘ ทิศด้วยกัน พระเจดีย์หินแบบจีน มีโป๊ยเซียนตั้งอยู่ในซุ้มของเจดีย์ทั้ง ๘ ทิศ ประดิษฐานอยู่ที่มุมพระอุโบสถทั้ง ๔ มุม
